屋顶花园建成后的保护，主要是指花园主体景象的各类地被、花卉和树木的保护和管理。当然，还有房顶上的水电设施和房顶防水、排水等的管理工作。
屋顶花园设计的保护与办理的准则
屋顶花园建成后的平常管理关系到植物资料在屋顶上能否生存。屋顶美化因为更新或换栽比地面上要困难多，植物的立地条件比其原成长的地方也恶劣很多，如场所狭小，强风、缺水和少肥等。所以，要采取各种不同于平地美化的管理措施，管理上求愈加精心、愈加详尽。
(1)对于屋顶的环境特色，应挑选成长缓慢、耐寒、耐旱、抗逆性强、易移栽和病虫害少的植物资料，能够减轻植物保护管理的工作量。
(2)粗豪式屋顶美化实际上并不需要太多的保护与管理。其栽植的植物都比较矮小，不需要剪枝，抗性比较强，适应性也比较强。如果是花园式的美化类型，行动休息、旅游场所，栽培较多的花卉和其他观赏性植物，就需要对植物进行定时洒水、上肥等保护和管理工作。
(3)在平常使用过程中，管理人员应留意不得任意在屋顶花园中增设超出设计规模的大型景象，以免形成房顶超载。
(4)在更改原暗装水电设备和体系时，应特别留意不得破坏原屋顶防水层和结构处置，更不得改动屋顶的排水体系和坡向，并应坚持屋顶园路及环境的清洗，防止枝叶等杂物阻塞排水通道及下水口，形成屋面积水，最后致使屋顶漏水。
(5)家庭房顶花园，则因为面积通常都不大，只要几至几十平方米。这种小型的房顶花园，通常都是由自个保护，主要是平常洒水、上肥、病虫害防治、时节植物的替换和松土除草等。留意触及专业保护的内容，最好请专职人员帮助，以免出现意外情况